白音敖包自然保護區(qū)是具有豐富的沙地森林、草原、溫地等植物類型的多樣性、生物物種多樣性和生態(tài)系統(tǒng)多樣性的綜合保護區(qū)。

保護區(qū)主要保護對象是沙地云杉林生態(tài)系統(tǒng)。沙地云杉林是世界上非常特殊的森林生態(tài)系統(tǒng)類型，是長期自然歷史發(fā)展和現(xiàn)代自然條件綜合作用下形成的特有樹種。

保護好沙地云杉林生態(tài)系統(tǒng)具有重大生產(chǎn)實踐價值。

白音敖包自然保護區(qū)具有較大經(jīng)濟價值的野生植物有：蒼術(shù)、祁洲漏蘆、亞洲百里香、細葉柴胡、細葉百合、黃芪、山杏、防風、沙參、黃花二色補血共有植物400余種。

保護區(qū)有較為復雜的野生動物種群，境內(nèi)鳥類主要有：黑鶴、大鴇、金雕、黑琴雞、灰鶴、蓑羽鶴、天鵝、班翅山鶉。獸類有：馬鹿、狍子、猞猁、貉子等國家一、二級保護動物。